Garnalenvisserij, mosselvisserij en sleepnetvisserij hebben een grote negatieve invloed op het ecosysteem van de Waddenzee. Dat schatten wetenschappers in. Ook de Noordzeevisserij, die niet in de Waddenzee plaatsvindt, heeft grote negatieve effecten, zo is de inschatting. Daarnaast worden de drie effecten van klimaatverandering (versnelde zeespiegelstijging, meer stormen en stijging van de watertemperatuur) tezamen als zeer schadelijk beoordeeld.
Deze conclusies staan te lezen in de eindrapportage van het Waddenhuisberaad. Tijdens het Waddenhuisberaad op 25 februari kwamen 25 wetenschappelijke experts bij elkaar om de impact van menselijke activiteiten op de Waddenzee in kaart te brengen. Het ging daarbij niet alleen om effecten op het ecosysteem, maar ook om effecten op economische en sociaal-culturele waarden.
Het Waddenhuisberaad werd georganiseerd door het Programma naar een Rijke Waddenzee en de Waddenacademie in opdracht van het Ministerie van Infrastructuur en Milieu. Het Ministerie van I&M zal het eindrapport onder andere als input gebruiken voor het vervolgproces van de Structuurvisie Waddenzee.